고대 동양에서 음양설과 5행설은 각각 독립적으로 발전했으나 나중에 하나의 사상체계로 통합되었다. 천지만물의 생멸과 변화를 기(氣)의 모임과 흩어짐에 의해 설명하는 사고방식이 성립되면서 이때부터 음양을 성질이 상반되는 2종류의 기로 설정하고, 음양 2기에 의해 천지자연의 운행을 설명하기 시작했다. 
5행이란 자연에 존재하는 물과 불 나무와 쇠 흙을 가리키며 일상생활에 필수적인 이러한 물질의 기본재를 상징화시켰다 그 후 음양설과 결합하여 5종류의 氣 즉 우주에 편재하고 충만한 5가지의 에너지 적 원소로 간주하였다. 

사계절의 변화와 인간의 정사를 오행상생의 순환원리에 의해 설명하고, 다양한 인간사의 현상과 4시(時계절), 12월(月)의 자연현상을 각각 오행에 배당했다. 따라서 자연과 인간이 음양오행의 순환운동에 따르면 그 화평상태가 유지될 수 있으며, 거기에서 벗어나면 자연과 사회의 화평이 깨어지고 생명현상으로는 질병이 생긴다고 했다. 
한대에는 이러한 음양오행설이 유가와 도가를 포함한 모든 사상에 공통적인 세계관으로 받아들여지게 됨으로써 하나의 보편적인 사상으로 성행했다. 

특히 동중서(董仲舒)는 음양오행설과 유교정치사상을 결합하여 천인감응(天人感應)과 휴상재이(休祥災異)의 사상을 완성했는데, 이 사상은 그 후의 유교사상의 근간을 이룬다. 중국의학에서는 인체의 생리현상과 자연계가 밀접한 관련이 있다고 보았다. 
즉 인체의 조직은 자연계의 음양오행이 적용된다고 보고 음양오행의 도식을 생리학의 도식으로 사용했다. 예컨대 비장(脾臟)은 土, 폐(肺)는 金, 심장(心臟)은 火, 간(肝)은 木, 신장(腎臟)은 水에 배속하여 그 기능과 성질을 설명한다. 

또 음양오행설에서는 4계절의 변화가 인간의 생리적 변화에 영향을 미친다고 보았고 인체 내부의 5장(五臟)은 상호 영향을 미치며 유기적으로 연관되어 있다고 하는 이론들을 고취했다. 오행의 목화토금수에 간심비폐신 오장을 비유하고 거기에 6부를 배속시켜 거의 모든 생리생명 현상들을 설명하고 천인상응의 자연의 순리를 벗어날 때 질병이 생긴다고 설명한다. 
의학에서 질병을 다스리고자 할 때에는 사람과 자연의 관계를 회복하고 음양오행의 순환원리에 따라서 변증시치를 적용하여 치료하는 장상학설과 장부오행변증론을 발전시키고 적용하였다. 

동양의학의 근간인 중의학이나 한의학 모두 음양오행의 이론에 입각하여 질병을 진단하였으며 약을 처방할 때에도 장부변증과 음양오행을 밀접하게 결부시켰고 침구학에서도 음양의 기와 오행의 혈(血)을 정확히 구분하여 선혈과 자침에 활용하였다.